公众参与农村污水处理设备的主要问题是，虽然公众参与机制已经建立在农村污水处理设备中，但公众参与并没有发挥应有的作用。不完善的公众参与机制阻碍了农村污水处理的深入进行，使农村污水处理陷入困境。
主要问题有：公众参与意识薄弱，意识低下。在一些偏远的农村地区，没有污水处理设施，大部分生活污水直接排入河流，造成水污染。在调查过程中，发现大多数农民意识不强，思想上依赖政府。
农民的环境意识仍处于较低水平，大多数农民认为他们习惯了直接排放，水污染只需要由政府控制。这种长期形成的农村生产生活不良习惯和落后观念没有及时纠正，长期污染农村环境，使农村水环境日益恶化。
根据农村污水处理设备项目建设过程中问卷数据，421名调查对象中，只有52.3%听说过农村污水处理项目。虽然项目办公室、业主和设计单位对项目进行了公开和宣传，但由于部分村民外出工作，对项目信息的了解很浅，对整个项目的发展了解不够，公众对项目的了解也不太高，因此需要加强项目的信息披露和公众参与。
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